المجلد الأول 
 مقدمات 
 مقدمة التعريف بكتاب الملل والنحل 
 مقدمات المؤلف 
 مدخل 
 المقدمة الأولى 
 المقدمة الثانية 
 المقدمة الثالثة 
 المقدمة الرابعة 
 المقدمة الخامسة 
 تمهيد 
 الباب الأول: المسلمون 
 مدخل 
 الفصل الأول: المعتزلة 
 مدخل 
 الواصلية 
 المعتزلة 
 النظامية 
 الخابطية والحدثية 
 البشرية 
 المعمرية 
 المردارية 
 الثمامية 
 الهشامية 
 الجاحظية 
 الخياطية والكعبية 
 الجبائية والبهشمية 
 الفصل الثاني: الجبرية 
 مدخل 
 الجهمية 
 النجارية 
 الضرارية 
 الفصل الثالث: الصفاتية 
 مدخل 
 الأشعرية 
 المشبهة 
 الكرامية 
 الفصل الرابع: الخوارج 
 مدخل 
 المحكمة الأولى 
 الأزارقة 
 النجدات العاذرية 
 البيهسية 
 العجاردة 
 الثعالبة 
 الإباضية 
 الصفرية الزيادية 
 الفصل الخامس: المرجئة 
 مدخل 
 اليونسية 
 العبيدية 
 الغسانية 
 الثوبانية 
 التومنية 
 الصالحية 
 الفصل السادس: الشيعة 
 مدخل 
 الكيسانية 
 الزيدية 
 الإمامية 
 الغالية 
 الإسماعيلية 
 فهرس الجزء الأول من كتاب الملل والنحل 
المجلد الثاني 
 تابع باب المسلمون 
 الفصل السابع: أهل الفروع 
 مدخل 
 أحكام المجتهدين في الأصول والفروع 
 حكم الاجتهاد والتقليد، والمجتهد والمقلد 
 أصناف المجتهدين 
 الباب الثاني: أهل الكتاب 
 مدخل 
 الفصل الأول: اليهود خاصة 
 مدخل 
 العنانية 
 العيسوية 
 المقاربة واليوذعانية 
 السامرة 
 الفصل الثاني: النصارى 
 مدخل 
 الملكانية 
 النسطورية 
 اليعقوبية 
 الباب الثالث: من له شبهة كتاب 
 مدخل 
 الفصل الأول: المجوس 
 مدخل 
 الكيومرثية 
 الزروانية 
 الزردشتية 
 الفصل الثاني: الثنوية 
 مدخل 
 المانوية 
 المزدكية 
 الديصانية 
 المرقيونية 
 الكينوية، والصيامية، والتناسخية منهم 
 الباب الأول: أهل الأهواء والنحل 
 مدخل 
 الفصل الأول: الصابئة 
 الفصل الثاني: أصحاب الروحانيات 
 مذهب أصحاب الروحانيات 
 مناظرات بين الصابئة، والحنفاء 
 الفصل الثالث: أصحاب الهياكل والأشخاص 
 أصحاب الهياكل 
 أصحاب الأشخاص 
 مناظرات إبراهيم الخليل لأصحاب الهياكل وأصحاب الأشخاص، وكسره مذاهبهما 
 الفصل الرابع: الحرنانية 
 مقالات الحرنانية 
 نشأة التناسخ والحلول منهم 
 مزاعم الحرنانية 
 الباب الثاني: الفلاسفة 
 مدخل 
 الفصل الأول: الحكماء السبعة 
 رأي تاليس 
 رأي أنكساغورس 
 رأي أنكسيمانس 
 رأي أنبا دقليس 
 رأي فيثا غورس 
 رأي سقراط 
 رأي أفلاطون الإلهي 
 الفصل الثاني: الحكماء الأصول 
 مدخل 
 رأي فلوطرخيس 
 رأي أكسنوفانس 
 رأي زينون الأكبر 
 رأي ديمقريطيس وشيعته 
 رأي فلاسفة أقاديما 
 رأي هرقل الحكيم 
 رأي أبيقورس 
 حكم سولون الشاعر 
 حكم أوميروس الشاعر 
 حكم بقراط 
 حكم ديمقريطيس 
 حكم أوقليدس 
 حكم بطلميوس 
 حكم أهل المظال 
 الفصل الثالث: متآخرو حكماء اليونان 
 رأي أرسطوطاليس بن نيقوماخوس 
 حكم الإسكندر الرومي 
 حكم ديوجانس الكلي 
 حكم الشيخ اليوناني 
 حكم ثاوفرسطيس 
 شبه برفلس في قدم العالم 
 رأي ثامسطيوس 
 رأي الإسكندر الأفروديسي 
 رأي فرفريوس 
 فهرس الجزء الثاني من كتاب الملل والنحل 
المجلد الثالث 
 تابع باب الفلاسفة 
 الفصل الرابع: المتأخرون في الإسلام 
 ابن سينا: كلامه في المنطق 
 في الإلهيات 
 في الطبيعيات 
 الباب الثالث: آراء العرب في الجاهلية 
 مدخل 
 الفصل الأول: معطلة العرب 
 منكرو الخالق، والبعث، والإعادة 
 منكرو البعث والإعادة 
 منكرو الرسل: عباد الأصنام: 
 الفصل الثاني: المحصلة من العرب 
 علومهم 
 معتقداتهم 
 تقاليد العرب التي أقرها الإسلام، وبعض عاداتهم 
 الباب الرابع: آراء الهند 
 الفصل الأول: البراهمة 
 مدخل 
 أصحاب البددة 
 أصحاب الفكرة والوهم 
 أصحاب التناسخ 
 الفصل الثاني: أصحاب الروحانيات 
 الباسونية 
 الباهودية 
 الكابلية 
 البهادونية 
 الفصل الثالث: عبدة الكواكب 
 عبدة الشمس 
 عبدة القمر 
 الفصل الرابع: عبدة الأصنام 
 مدخل 
 المهاكالية 
 البركسهيكية 
 الدهكينية 
 الجلهكية، أي عباد الماء 
 الأكنواطرية، أي عباد النار 
 الفصل الخامس: حكماء الهند 
 فهرس: الجزء الثالث من كتاب الملل والنحل