الأسمدة العضوية هي مصدر أساسي لمغذيات النباتات ومكيفات التربة في الزراعة. نظرًا لمصادره وتكوين المدخلات العضوية بالإضافة إلى نوع ووظيفة وفشل عملية المعالجة التطبيقية ، قد يحتوي السماد العضوي على كميات مختلفة من العوامل المعدية والمواد الكيميائية السامة ، وخاصة المضادات الحيوية التي يمكن إدخالها إلى اللاحقة سلسلة غذائية. كانت مجموعة من مسببات الأمراض البشرية والحيوانية من أصل بكتيري وفيروسي وطفيلي سبب الأوبئة التي تنتقل عن طريق الغذاء بسبب التلوث غير المقصود من الأسمدة العضوية. إن استخدام المضادات الحيوية من قبل البشر والأعلاف الحيوانية سينتهي به المطاف في الأسمدة العضوية. ستعزز هذه المضادات الحيوية والمواد الكيميائية الأخرى ، اعتمادًا على مصادر المواد العضوية ، احتمالية حدوث سلالات مقاومة ومتعددة الكائنات الحية الدقيقة في المجتمع وقد تم الإبلاغ عن أنها تسبب آثارًا بيئية سامة للبيئة وتعطل التوازن البيئي. تعرض الكائنات الحية الدقيقة لتركيز المضادات الحيوية دون المميتة في المنتجات العضوية يؤدي إلى مقاومة المضادات الحيوية. تحدد الدلائل الإرشادية لمنظمة الصحة العالمية بشأن إعادة استخدام الفضلات وغيرها من المواد العضوية خطر المجموعات المعرضة على إعادة استخدام الفضلات ، وهي قابلة للتطبيق في استخدام الأسمدة العضوية في الزراعة.